Những trường hợp viêm bàng quang nhẹ nhàng có thể tự lành mà không cần điều trị nào tuy nhiên vì chúng có khả năng gây nên những biến chứng nặng nề nên tất cả các trường hợp nhiễm trùng đường tiểu dù nặng hay nhẹ đều được khuyến cáo điều trị kỹ càng. Thuốc điều trị thường dùng là các kháng sinh. Liệu trình cũng như loại thuốc tùy thuộc vào loại vi khuẩn cũng như vị trí nhiễm trùng.

Các kháng sinh thường dùng:

• Nitrofurantoin
• Cephalosporin
• Sulfonamide
• Amoxicillin
• Trimethoprim-sulfamethoxazole
• Doxycycline (không dùng cho trẻ dưới 8 tuổi)
• Quinolone (không nên dùng cho trẻ em)

Khi được điều trị, các NTĐT dưới có thể hết triệu chứng chỉ trong vòng vài ngày nhưng điều trị cần kéo dài từ 10 đến 15 ngày để đề phòng viêm thận bể thận.

Nhiễm trùng đường tiểu do các tác nhân Chlamydia trachomatis và Mycoplasma hominis cần điều trị với tetracycline hoặc doxycycline dài ngày.

Nhiễm trùng đường tiểu do bất thường giải phẫu hoặc có biến chứng tạo ổ mủ sâu cần phải phẫu thuật.

Nhiễm trùng đường tiểu tái diễn (3 hoặc nhiều lần NTĐT trong một năm) có thể điều trị kéo dài đến 6 tháng đôi khi đến cả hai năm.

Theo dõi điều trị bằng xét nghiệm nước tiểu là biện pháp bắt buộc để đánh giá hiệu quả của điều trị.